Tras la catástrofe provocada por el dolor de Akira, Tokio se encuentra en un estado post apocalíptico. Un grupo misterioso de soldados se infiltra en la ciudad con un objetivo desconocido y se enteran de que Tetsuo se alió con Akira y fundaron el Gran Imperio de Tokio. Del otro lado de la ciudad se encuentra Miyako y ambos poderes han reunido una amplia base de fieles. En medio de todo, Kay y Chiyoko tratan de mantener estables a No. 27 y No. 25, quien le pide a Kay que encuentre a “No. 19”. Tras cumplir con la misión, el Imperio descubre que los niños también son importantes y comienza una carrera por obtenerlos. Mientras tanto, Tetsuo comienza a tener dudas, se entera de los secretos tras el Proyecto que creó a Akira y comienza a tomar cartas en el asunto, pero el Coronel está desesperado por terminar con la amenaza.